Preferencje

Możesz konfigurować Swiss-PdbViewer na wiele sposobów i zapisać kilka plików z preferencjami (preferences), co pozwala kilku użytkownikom na korzystanie z tej samej kopi programu z wybranymi przez siebie ustawieniami. W każdym bądź razie ustawienia domyślne zostaną zapisane za każdym razem kiedy wyłączysz program, plik z zapisem będzie zawierał te ustawienia które były aktywne w chwili wyłączenia programu. Jeżeli chcesz zmienić swój własny plik z preferencjami, będziesz musiał po prostu zapisać go.

Bardzo przydatne może być utworzenie kilku plików z preferencjami, każdy z nich zawierający przykład różnych opcji renderingu oraz wielkości wiązań (bond sizes). Dlatego, aby zmienić wygląd obrazka będziesz musiał wczytać jedynie wcześniej przygotowany plik z preferencjami. Jeżeli chcesz podzielić się widokiem który ci się spodobał z innym użytkownikiem to nie zapomnij wysłać mu oprócz pliku .pdb plik z preferencjami, jeżeli tego nie zrobisz wygląd molekuły będzie zależał od osobistych ustawień programu (osoby której wysłałeś plik .pdb).
Plik z zapisanymi preferencjami może być wymieniany bez problemu pomiędzy blaszakami (PC) a jabłuszkiem (MAC)

Modify last Prefs dialog
Wyświetla ostatnio zapisane opcje preferencji użyte aby umożliwić późniejsze modyfikacje.
Open
Zamienia obecne ustawienia (Default.prf) na te pochodzące od alternatywnego/nowego pliku z preferencjami.
Save
Zapisuje obecne ustawienia w pliku abyś mógł korzystać z nich w przyszłości. Zauważ że obecne ustawienia są zawsze zapisane automatycznie w pliku "Default.prf" kiedy użytkownik wychodzi z programu.
General
Ta lista opcji głównie pozwala użytkownikowi na zmianę zachowania się programu podczas uruchomiania oraz kiedy ustawienia są wczytywane.
Loading Protein
Możesz używać tej listy opcji do zmiany preferencji np. tak że proteina jest automatycznie pokolorowana w strukturze drugorzędowej z wyświetlonymi wstążkami zamiast tradycyjnego obrazu szkieletowego oraz z wyznakowanymi superpozycjami do poprzednio wczytywanych protein, z obliczonym strukturalnym porównaniem (with a structural alignment computed)..
Real Time Display
Aby zapewnić "gładką" obsługę przemieszczania cząsteczek (molecule displacements) w czasie rzeczywistym, pewna liczba opcji ma na celu zmniejszenie obciążenia procesora (CPU). Możesz zadecydować o poziomie "realizmu" podczas przemieszczania/przesuwania molekuły poprzez zadecydowanie czy życzysz sobie czy cząsteczki wodoru będą rysowane podczas operacji przesuwania. Ta sama zasada odnosi się do łańcuchów bocznych molekuły. Poza tym możesz wybrać czy chcesz aby molekuła była wyświetlana w widoku stereoskopowym podczas operacji przeprowadzanych w czasie rzeczywistym.
Aby zapewnić lepszą kontrole obciążenia CPU, możesz modyfikować maksymalną liczbę linii jaką program będzie rysował. Jeżeli liczba linii do narysowania przekracza wartość wartość progową (threshold value) to program najpierw będzie rysował molekułę bez widoku stereoskopowego potem bez wodorów i ewentualnie bez łańcuchów bocznych molekuły. Aby zmniejszyć jeszcze bardziej obciążenie CPU, zezwól programowi na rysowanie jedynie grup bez azotu (out of n !?!?) poprzez zmodyfikowanie ostatniej dostępnej opcji w tym okienku. Te opcje są szczególnie przydatne na 68k Macs.

Zauważ: maksymalna liczba linii która może być narysowana podczas operacji w czasie rzeczywistym jest celowo ograniczona do 15000 na Power Macs, 10000 na PC oraz 5000 na 68K Macs.

EDM
To okno dialogowe pozwala na zmianie kolorów mapy gęstości elektronów (electron density map), jak również konturów sigmy (contouring sigma). Ta sama mapa może być jednocześnie w dwóch różnych wyprofilowanych Sigma's w różnych kolorach.
Osie jednostki komórki są pokolorowane na czerwono dla a, zielono dla b, niebiesko dla c. Możesz łatwo sprawdzić gdzie znajdujesz się komórce jednostki ponieważ zaznaczenie jest oznaczone żółtą kropką migającą raz na 10 sek.
Zauważ że możesz wyświetlić komórkę jednostki nawet wtedy kiedy mapa gęstości elektronowej nie jest wczytana, jednak staraj się tego unikać ponieważ znacząco obciąża to komputer.e